明朝中叶，浙江金华兰溪县的贝兰堂迁居苏州。相传贝兰堂迁到苏州以后，在金阊门外南濠街经营草药生意，同时兼做中医，他的子孙将草药摊扩展为药铺，由于诚信经营、乐善好施，所以日渐兴盛，传至乾隆年间，贝慕庭已成吴中巨富。当时苏州民间有四贵和四富的说法，四贵是“彭、宋、潘、韩”，四富是“戈、毛、毕、贝”，四富中的贝就是指贝慕庭家。到了乾隆末年，贝家已从阊门外迁居城内桃花坞，由商贾世家逐渐变为书香门第，出了不少读书人。

　　1876年1月16日，贝寿同就出生于这个大家族，他的父亲贝澂是一名盐务官员，长期在浙江任职。兄弟七人，他排行第四，取字季眉，一号季美。他的三兄贝寿彭是位秀才，他的七弟贝晋眉是昆剧传习所的创办人之一。

　　1896年，贝寿同成为吴县县学附生，后肄业于江阴南菁书院与江南格致书院。1901年，南洋公学为了培养新式人才，添设特班，专门教授英文、算学、格致化学、政治学、理财学等内容，贝寿同与黄炎培、邵闻泰（邵力子）、李广平（李叔同）、谢澄（谢无量）、唐忠行、彭清鹏等人顺利考入，成为特班生。特班教习是蔡元培先生，贝寿同因成绩优秀而深得蔡先生器重。1902年冬，南洋公学的学生因反对学校实行专制教育而发生学潮，贝寿同领导同学们罢课出校游行，向公众宣布退学的缘由。不久，蔡元培在上海组织爱国学社来安置这批退学的学生，教员吴稚晖、章炳麟等都是义务教学，向学生们灌输民主主义的思想，贝寿同既被公推为学生领袖，还充当低年级的老师。“《苏报》案”发生后，爱国学社被迫解散，贝寿同就东渡日本，肄业于早稻田大学，接触到革命思想，加入了同盟会。

　　1909年，他作为官费留学生，经欧洲游学生监督蒯光典派送，进入德国柏林工科大学建筑科学习。该大学位于柏林的夏洛腾堡，一年的学费是3840德国马克，这时他的老师蔡元培也正留学于德国莱比锡大学，相比之下，不是公费留学的蔡元培还要靠兼职来维持学习与生活，显得更为紧张与忙碌。1914年欧战爆发前夕，贝寿同毕业回国。

　　1915年，贝寿同被大总统任命为司法部技正，随后被派在司法部监狱司第三科任职，负责全国监狱建筑的设计工作，直至1927年。在北京期间，他先后兼任北京大学工科讲师、交通大学京校副主任、督办鲁案善后事宜公署专门委员、中华工程师学会副会长等职，先后设计了大陆银行北京分行大楼、欧美同学会会所、农商部地质调查所办公楼等建筑。1921年，他又赴德国、比利时、奥地利等国考察监狱建筑，回国后将我国旧式监狱逐步改建成新式监狱。

　　1928年至1934年，他就任南京政府司法行政部技正。其间，他先后兼任苏州工业专门学校教员、苏州市政府专门委员、国立中央大学工学院建筑工程科副教授，培养出张开济、张玉泉、费康、张镛森、唐璞等建筑设计人才。1931年，他在南京新街口刘军师桥开设“金陵咖啡馆”，这栋两层的欧式建筑是他亲自设计的。咖啡馆以经营咖啡西点为主，徐志摩在这里享用了他人生的最后一顿晚餐。

　　1935年，贝寿同改任财政部盐务稽核总所两浙盐场整理委员会工程师，翌年遭遇岱山盐民与渔民的联合大暴动，职员10多人同时遇难，他因躲避及时而幸免于难。之后，他任温州收税局收税官、台州盐税局局长。抗战爆发后，他随盐务总局内迁至四川五通桥等地，担任盐务总局工程师。1939年，他的夫人沈氏在苏州病逝，他自四川寄回挽联一副“念四年家事操劳，赖卿内顾无忧，讵料死别生离，蜀道顿成长恨路；六十日病床转侧，悔我远征失策，那堪朝思暮想，苏台遥寄悼亡诗”，表达了他对夫人的思念、感激与愧疚之情。他1940年辞职回到苏州，1941年7月4日病逝于苏州博习医院。

　　贝寿同早年追随蔡元培先生，立身处世，不图虚名，以“科学救国”的理想留学深造，归国后，为国家设计了不少精品建筑，培养了大量专业人才，不愧是中国近代建筑设计事业的先驱。